从这两点其实就可以看出，靖国神社祭祀的不是某种特别的人格，而是一种抽象的人格——即单独的「为国家而死亡」之理念。因此，在靖国神社中，就算《灵玺簿》上有坂本龙马这样的大人物，他也不会比名录上的其他人享有更高的地位——因为靖国神社并不是特别祭祀某个人，而是藉由对这众多亡灵的祭祀，去崇敬他们背后的那个理念。

这一点是需要注意的。而且这也足以让人理解为什么一般的民众对于靖国神社的争议很难有直观的感知——因为当他们走进靖国神社的时候，只觉得这里就是个普通的神社，而且看来看去，除了战争博物馆外，并看不到什么特别的东西。

但是如果我们要对靖国神社进行批判的话，其实靖国神社整个理念就是有问题的，因为靖国神社不对战争行为进行善恶的价值判断，仅仅从国家的角度去肯定那些亡灵的功绩，这一点导致靖国神社是无法完全摆脱军国主义的阴影的。所以说，祸根在这里就埋下了。

实际上，一开始，靖国神社方面还比较克制。1966年，当时日本厚生省将包含甲级战犯在内的祭祀名录交给时任宫司筑波藤磨，希望将其列入合祭，但是筑波谨慎地没有接受那些名字；直到1978年，时任宫司松平永芳才将28位甲级战犯中的14位加入《灵玺簿》。

此举首先就招致了昭和天皇的批评：「我曾听说，有段时期一些人提出要合祭甲级战犯，甚至包括松冈和白鸟，好在筑波对此谨慎处理。……松平的儿子怎么想的，松平强烈希望和平，我觉得儿子太不懂父亲的心了。」由此，自从1978年以后，日本天皇不再参拜靖国神社。

不过日本天皇不能干涉靖国神社的运营，因为早在1946年，按照新宪法的政教分离原则，靖国神社已经脱离了日本官方成为了独立的宗教法人，而按照宗教信仰自由原则，也不能对靖国神社予以取缔——更何况，排除战犯问题，靖国神社的祭祀理念，也不能说是不符合日本文化的。

正因为如此，靖国神社问题呈现出复杂的面貌，尤其是在被政治化之后（虽然这种政治化部分是靖国神社主动涉及的）。