还是知乎网友厉害,感觉逻辑链差不多能说通了。结合病理报告和已知的肿瘤分型,三人都表现出SMARCB1低表达,所以患病原因很可能是被靶向敲除/敲降抑癌基因。实验室一般用改造的慢病毒(HIV)或者腺病毒(流感病毒)作为载体,在生物体内只有感染而不具备复制能力,虽然它们有潜在风险,但长期以来大家都这么用没事,他们一个实验室内这么密集的患病实在有点离谱……
考虑到他们实验室特别突出的一点,一般小鼠不容易造模成功(因为存在免疫系统+工程病毒不能复制)但他们实验室成功率超高。目前看到的两个比较靠谱的猜测:
1. 为了提高成功率,实验次数增加并且病毒量增大,甚至为了方便学生可能就在普通超净台做转染。这样会大为增加暴露风险,感染风险虽然低耐不住接触太频繁啊。
2. 另一个比较惊悚的猜测是,他们违规用了活病毒/新型病毒作载体,使得病毒在小鼠体内能自主复制,提高造模几率。这样会让本来低风险的操作变成高风险。这个猜测过于离谱以至于我都不敢相信,要是真的可是堪比贺建奎的国际丑闻……
可是现在也没法验明真相了……
@refactor 好奇同一个基因低表达有数据吗?1概率非常大而且很符合对国内安全标准和push学生的认知。2绝对不可能...风险和收益完全不成正比,就算是院士PI也担不起这个责任
@kowaretai 我也觉得2太离谱了说不过去。至于1的话中大作为臭名昭著的青椒墓地这种push程度完全可能
@refactor 而且我都能想到大PI用来开脱的说辞“我就是跟他们说实验还得抓紧一点,从来没说让他们加班甚至不按防护流程”。在国内实验室呆过的都知道,有时候都不用说“抓紧一点”,一两个眼神就可以杀人
@kowaretai 同感,老板会一种迷之表情,笑眯眯的同时眼神带杀气,然后过几个小时问问你实验做完没有什么成果…
另:关于同一基因低表达参见这条回复,不完全严谨但说得过去且可能性不小 https://alive.bar/@refactor/111391251833785700
@refactor 点进知乎他给的链接之后里面给的TCGA的原始数据可以看到error bar很大,感觉很难显著...此外的用大的ngadatabase还找到一些血液样本的信息,全都不显著...另外有一个tissue-specific的database找到的信息,smarcb1在几个相关癌症中的表达其实是上调的http://gepia.cancer-pku.cn/detail.php?gene=smarcb1
@kowaretai 我去看了你给的表达谱,有点不能理解,为什么作为抑癌基因,在所有的肿瘤样本里都是反而丰度更高了?然后我去查了下p53,竟然也是如此。我理解你的逻辑是:肿瘤样本里该抑癌基因表达丰度比正常样本高,所以该肿瘤发生与该抑癌基因受抑制无关。这个解释是对的吗?我不是cancer biology的,这点不能判断
@kowaretai 这个我知道,现在目前不确定的是INI-1表达降低对于乳腺癌来说 1. 是不是强相关 2.是不是特异性,这样可以推测目前已知的三人是否同一靶点发生突变。
@refactor 第一个问题按照现在的数据应该是没有强相关的 (这个数据的图标里有该基因在乳腺癌中对主要pathway的相关性分析,都比较低);不过想要完全证明表型和单基因突变之间的因果性本来就是非常难的事情(比如说万一某位患者的其中几个个SNP跟SMARCB1之间有遗传的相互作用,那可能因果性又不同了)。这个也是用genomics的手段做系统性疾病最大的挑战性之一...真正有强因果性的单基因靶点还是太少了... http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/calForSingle?singleGene=SMARCB1#datasetsDetail