二、Cre-loxP的应用
携带 loxP 的小鼠被称为 Floxed 小鼠,当它与 Cre 小鼠交配后,Cre-Lox 系统开始工作,可以对两个 loxP 位点以内的基因进行重组,进而实现基因敲除、表达等目的。
1. 组织特异性敲除(conditional knockout, cKO)
当组织特异性 Cre 小鼠(具有组织靶向性的 Cre 小鼠品系很多)与 Floxed 小鼠配繁后,两个 loxP 位点位于同一条染色体上,且方向相同。Cre 重组酶可以介导特定组织中两个同向 loxP 位点发生同源重组。致使“Gene X”处序列被删除,如果该序列的删除使得该基因发生移码突变,则达到基因敲除的效果(如图2)。
2. 组织特异性过表达(conditional knockin, cKI)
Floxed 小鼠转入某个基因的编码序列,并在这段编码序列前面插入“LoxP-STOP-LoxP, LSL”元件。因此,该Floxed小鼠并不表达插入的基因;当存在Cre重组酶时,STOP元件被删除,插入基因才会表达。该体系可用于构建基因条件性敲入小鼠模型(如图3)。
三、基因工程小鼠的一般简写方式
1.基因敲除
可以分别用加、减号上标来表示 wildtype allele 与 mutant allele:
KO 纯合子 Gene-/-
KO 杂合子 Gene+/-
野生型对照 Gene+/+ 或 WT (wildtype)
2.基因敲入
将敲入的元件写在上标里,例如:
Shh 基因 E177A 点突变杂合子:Shh E177A/+
如果 Shh 基因敲入报告基因或Cre重组酶基因,可以写成 Shh EGFP/+,或者也可以直接写成 Shh-EGFP、Shh-Cre。
3.转基因
一般直接写出表达的基因结构,例如:
Villin promoter 驱动 EGFP 报告基因的转基因小鼠就可以表示为 Vil-EGFP。
4.条件性基因敲除
将 flox 作为上标表示,比如:
CKO 纯合子 Gene flox/flox 或 Gene f/f
CKO 杂合子 Gene flox/+ 或 Gene f/+
如果与广泛表达 Cre 或生殖系表达 Cre 工具鼠交配后获得了全身敲除的小鼠,那么可以按 KO 小鼠的规则来简写。
如果与组织特异性 Cre 小鼠交配,那么可以组合写成:Gene flox/flox;Cre。
如果文章中只用到一种组织特异性 Cre 工具鼠,也可以按 KO 的方式简写,即 Gene -/- 可以表示 flox 纯合子且 Cre 阳性小鼠。
如果有多种不同的 Cre,那么就需要分别表示了。
例如:Tlr5 flox 小鼠分别与小肠上皮细胞(IEC)特异性 Cre(Vil-Cre)、 DC 细胞特异性 Cre(CD11c-Cre)交配的子代中发生基因敲除的纯合子小鼠可以分别表示为 Tlr5 flox/flox;Vil-Cre 和 Tlr5 flox/flox;CD11c-Cre。如果觉得这样写太麻烦,也可以这样表示:Tlr5 ΔIEC 和 Tlr5 ΔDC。
怪不得师姐说这是毫无积累(没有学术资源)的课题组呢
To determine if a long noncoding RNA (lncRNA) has cis-regulatory functions, several criteria are typically considered:
Proximity to Target Gene: The lncRNA should be located near the target gene on the same chromosome.
Expression Correlation: There should be a correlation between the expression of the lncRNA and the target gene.
Functional Evidence: Experimental evidence, such as loss-of-function or gain-of-function studies, should show that the lncRNA can regulate the target gene’s expression.
Physical Interaction: The lncRNA should physically interact with the target gene’s DNA or associated chromatin.
Conservation: The regulatory function of the lncRNA should be conserved across different species or cell types, if applicable.
不想看文献
我觉得我总是在某个步骤上卡很久
比如现在,我应该要画一个这篇文献的流程图,但是事实上我还没搞清楚这篇文献各个实验都为了验证什么(逻辑很劝退)
(主要是我真的没法理解逻辑,也很怀疑根本就没有逻辑,我也不是很想要搞这个选题(还没有师姐的选题有搞头
但是如果要搞师姐的选题就要整理一大堆看不懂的数据(从里面筛选出要搞的分子)
而且最卡关的是我在两种思路中摇摆不定